《办法》指出，考核工作要坚持目标导向、问题导向和结果导向，遵循客观公正、突出重点、奖惩分明、注重实效的原则，从工作措施落实情况和食品安全状况等方面，对食品安全组织领导、监督管理、能力建设、保障水平等责任落实情况进行评议考核。

《办法》规定，考核分为四个步骤。一是实地检查。国务院食品安全办会同相关部门和单位组成考核组，依据考核方案对各省（区、市）人民政府当年度食品安全工作进展进行实地检查。二是自查评分。各省（区、市）人民政府按照考核方案，对本年度食品安全工作情况进行全面总结和自评打分。三是部门评审。国务院食品安全委员会成员单位按照考核方案，结合日常监督检查情况，对自评报告中相关指标内容进行考核评审。四是综合评议。国务院食品安全办会同相关部门和单位作出综合评议，形成考核报告，报国务院食品安全委员会审定。考核结果分为A、B、C三个等级，由国务院食品安全委员会通报各省（区、市）人民政府。

《办法》明确，对考核结果为A级的省（区、市）人民政府，由国务院食品安全委员会予以通报表扬，对作出突出贡献的单位和个人按照国家有关规定给予表彰、奖励。对考核结果为C级的省（区、市）人民政府，国务院食品安全委员会委托国务院食品安全办会同相关部门和单位约谈该省（区、市）人民政府有关负责人，必要时由国务院领导同志约谈该省（区、市）人民政府主要负责人，该省（区、市）有关领导干部不得参加年度评奖、授予荣誉称号等。考核结果交由干部主管部门作为对省（区、市）人民政府领导班子和领导干部进行综合考核评价以及实行奖惩的重要参考，评议考核中发现需要问责的问题线索移交纪检监察机关。

《办法》规定，考核工作由国务院食品安全委员会统一领导。各省（区、市）人民政府应在考核结果通报后一个月内，向国务院食品安全委员会作出书面报告，对通报的问题提出整改措施与时限。对食品安全工作评议考核中弄虚作假的，予以通报批评；情节严重的，依法依纪追究相关人员责任。